NGHIÊN CỨU KHOA HỌC LIÊN QUAN ĐẾN K-TRACK
UNG THƯ ĐẠI - TRỰC TRÀNG
Xác định phổ đột biến và khảo sát tồn dư tối thiểu khối u bằng ctDNA của bệnh nhân Ung thư đại – trực tràng tại Việt Nam.
Nghiên cứu “Tumor genomic profiling and personalized tracking of circulating tumor DNA in Vietnamese colorectal cancer patients” – Frontiers in Oncology
UNG THƯ ĐẠI - TRỰC TRÀNG
Độ nhạy và độ đặc hiệu cao. Khả năng dự đoán thời gian tái phát.
Nghiên cứu “Personalized K-Track assay to detect actionable mutations and minimal residual disease in solid tumors.” – JCO Global Oncology
BỘ 3 XÉT NGHIỆM THEO DÕI XUYÊN SUỐT HÀNH TRÌNH ĐIỀU TRỊ UNG THƯ
|
|
|
|
|---|---|---|---|
| Mẫu bệnh phẩm |
Mẫu máu +
Mẫu mô |
Mẫu máu +
Mẫu mô |
Mẫu máu |
| Đối tượng áp dụng | Bệnh nhân ung thư giai đoạn sớm |
Bệnh nhân ung thư
giai đoạn tiến xa - di căn |
Bệnh nhân ung thư
không có sẵn mẫu mô |
| Số lượng gen khảo sát | 155 gen | 155 gen | 22 gen |
| Số lượng đột biến | 5-8 đột biến cá thể hoá (trên mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân) |
2-4 đột biến cá thể hóa (trên mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân) + 500 hotspot (đặc trưng cho giai đoạn tiến xa, di căn) |
0-2 đột biến cá thể hóa (trên mẫu bệnh phẩm của bệnh nhân) + 500 hotspot (đặc trưng cho giai đoạn tiến xa, di căn) |
| Độ đặc hiệu | > 99% | > 99% | > 99% |
| Độ nhạy | 53 - 96% | 60 - 100% | 41 - 70% |
CHỈ DẤU QUAN TRỌNG CỦA KHỐI U
Tồn dư tối thiểu khối u (MRD) và theo dõi tái phát sớm bằng cách phát hiện ctDNA (DNA phóng thích từ khối u) trong máu
Panel 155 gen:
- ACVR2A
- AFF3
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- AR
- ARID1A
- ARID1B
- ARID2
- ASXL2
- ATM
- ATR
- AXIN1
- BCOR
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- BRIP1
- CAMTA1
- CASP8
- CDH1
- CDK12
- CDKN2A
- CHD4
- CHEK2
- CIC
- CREBBP
- CSDE1
- CTCF
- CTNNB1
- DICER1
- DNMT3B
- DOT1L
- EGFR
- EIF1AX
- ELF3
- EP300
- EPCAM
- EPHA3
- EPHA5
- EPHA7
- ERBB2
- ERBB3
- ERBB4
- ERCC3
- ERCC4
- ESR1
- FAT1
- FAT4
- FBXW7
- FGFR2
- FGFR3
- FH
- FHIT
- FLT1
- FOXA1
- FOXP1
- GATA3
- GNA11
- GNAS
- GRIN2A
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- IGF2
- IKZF1
- INPP4B
- KDM6A
- KDR
- KEAP1
- KIT
- KMT2A
- KMT2B
- KMT2C
- KMT2D
- KNSTRN
- KRAS
- LRP1B
- MAP2K1
- MAP2K4
- MAP3K1
- MAX
- MDM2
- MED12
- MEN1
- MET
- MGA
- MLH1
- MSH2
- MSH6
- MTOR
- MUTYH
- NCOR1
- NCOR2
- NF1
- NFE2L2
- NOTCH1
- NOTCH2
- NRAS
- NRG1
- NSD1
- NTRK1
- NTRK2
- NTRK3
- PALB2
- PARP1
- PBRM1
- PDE4DIP
- PDGFRA
- PDPK1
- PIK3C2G
- PIK3CA
- PIK3CD
- PIK3R1
- PMS2
- POLD1
- POLE
- PRDM14
- PREX2
- PRKD1
- PTCH1
- PTEN
- PTPN13
- PTPRB
- PTPRD
- PTPRS
- PTPRT
- RAB35
- RARA
- RASA1
- RB1
- RBM10
- RET
- RHOA
- RNF213
- RNF43
- ROS1
- SETD2
- SF3B1
- SMAD4
- SMARCA4
- SOX9
- STAT5A
- STK11
- TBX3
- TCF7L2
- TERT promoter
- TP53
- TRRAP
- TSC1
- TSC2
- VHL
- ZFHX3
- ZNF521
Ngoài các đột biến cá thể hóa cho từng bệnh nhân, xét nghiệm K-TRACK MET khảo sát thêm panel gồm 300-500 đột biến hotspot được thiết kế cho giai đoạn tiến xa – di căn. Panel gen (không khảo sát toàn bộ chiều dài gen mà chỉ 1 số đột biến hotspot. Vị trí và số lượng đột biến khảo sát phụ thuộc vào từng loại ung thư khác nhau):
- ACVR2A
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- ARID1A
- AXIN1
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- CDH1
- CTNNB1
- EGFR
- ERBB2
- ESR1
- FBXW7
- GATA3
- GNAS
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- KEAP1
- KRAS
- LRP1B
- MET
- NRAS
- PIK3CA
- POLE
- PPP2R1A
- PTEN
- RB1
- SMAD4
- STK11
- TCF7L2
- TERT
- TP53
- ZFHX3
Đột biến đích (actionable mutation) hỗ trợ liệu pháp điều trị nhắm trúng đích
- Ung thư phổi: EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, MET amplification/mutations, HER2 amplification/ mutations, ALK fusion/mutations, ROS1 fusion, NTRK fusion, PIK3CA, RET fusion/mutations, TP53, SKT11, KEAP1
- Ung thư đại – trực tràng: KRAS, NRAS, BRAF, HER2 amplification/mutations,PIK3CA, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư vú: AKT1, PTEN, BRCA1, BRCA2, PALB2, PIK3CA, ESR1, HER2 amplifition/ mutations, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư thực quản – dạ dày: HER2 amplification/mutation, PIK3CA, NTRK fusion,BRAF, RET fusion
- Ung thư buồng trứng: BRCA1, BRCA2, BRAF, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tiền liệt tuyến: BRCA1, BRCA2, PALB2, AR, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tụy: BRCA1, BRCA2, PALB2, KRAS, NRAS, BRAF, RET fusion, NTRK fusion
- Ung thư nội mạc tử cung: POLE, POLD1, AKT1, BRAF, NTRK fusion, RET fusion/mutations
- Ung thư gan: BRAF, NTRK
Đột biến di truyền (germline mutation)
Panel 42 gen:
- ALK
- APC
- ATM
- BRCA1
- BRCA2
- BRIP1
- CDH1
- CDKN2A
- CHEK2
- DICER1m
- EGFR
- EPCAM
- ERCC3
- ERCC4
- FH
- HRAS
- KIT
- MAX
- MEN1
- MET
- MLH1
- MSH2
- MSH6
- MUTYH
- NF1
- NF2
- PALB2
- PDGFRA
- PMS2
- POLD1
- POLE
- PTCH1
- PTEN
- RET
- RNF43
- SMAD4
- SMARCA4
- STK11
- TP53
- TSC1
- TSC2
- VHL
Bất ổn định vi vệ tinh (MSI)
Xét nghiệm khảo sát 100 – 300 loci.
Bất ổn định vi vệ tinh (MSI) là 1 chỉ dấu liên quan đến khả năng đáp ứng liệu pháp điều trị bổ trợ hoặc liệu pháp miễn dịch. Tỷ lệ phần trăm số vùng trình tự vệ tinh không ổn định được tính toán bằng công cụ MSIsensor-pro, so sánh các vùng này giữa mẫu mô u và với mẫu bạch cầu tương ứng.
Ngưỡng giá trị cho phân loại MSI-High là 20%.
Tồn dư tối thiểu khối u (MRD) và theo dõi tái phát sớm bằng cách phát hiện ctDNA (DNA phóng thích từ khối u) trong máu
Panel 155 gen:
- ACVR2A
- AFF3
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- AR
- ARID1A
- ARID1B
- ARID2
- ASXL2
- ATM
- ATR
- AXIN1
- BCOR
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- BRIP1
- CAMTA1
- CASP8
- CDH1
- CDK12
- CDKN2A
- CHD4
- CHEK2
- CIC
- CREBBP
- CSDE1
- CTCF
- CTNNB1
- DICER1
- DNMT3B
- DOT1L
- EGFR
- EIF1AX
- ELF3
- EP300
- EPCAM
- EPHA3
- EPHA5
- EPHA7
- ERBB2
- ERBB3
- ERBB4
- ERCC3
- ERCC4
- ESR1
- FAT1
- FAT4
- FBXW7
- FGFR2
- FGFR3
- FH
- FHIT
- FLT1
- FOXA1
- FOXP1
- GATA3
- GNA11
- GNAS
- GRIN2A
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- IGF2
- IKZF1
- INPP4B
- KDM6A
- KDR
- KEAP1
- KIT
- KMT2A
- KMT2B
- KMT2C
- KMT2D
- KNSTRN
- KRAS
- LRP1B
- MAP2K1
- MAP2K4
- MAP3K1
- MAX
- MDM2
- MED12
- MEN1
- MET
- MGA
- MLH1
- MSH2
- MSH6
- MTOR
- MUTYH
- NCOR1
- NCOR2
- NF1
- NFE2L2
- NOTCH1
- NOTCH2
- NRAS
- NRG1
- NSD1
- NTRK1
- NTRK2
- NTRK3
- PALB2
- PARP1
- PBRM1
- PDE4DIP
- PDGFRA
- PDPK1
- PIK3C2G
- PIK3CA
- PIK3CD
- PIK3R1
- PMS2
- POLD1
- POLE
- PRDM14
- PREX2
- PRKD1
- PTCH1
- PTEN
- PTPN13
- PTPRB
- PTPRD
- PTPRS
- PTPRT
- RAB35
- RARA
- RASA1
- RB1
- RBM10
- RET
- RHOA
- RNF213
- RNF43
- ROS1
- SETD2
- SF3B1
- SMAD4
- SMARCA4
- SOX9
- STAT5A
- STK11
- TBX3
- TCF7L2
- TERT promoter
- TP53
- TRRAP
- TSC1
- TSC2
- VHL
- ZFHX3
- ZNF521
Ngoài các đột biến cá thể hóa cho từng bệnh nhân, xét nghiệm K-TRACK MET khảo sát thêm panel gồm 300-500 đột biến hotspot được thiết kế cho giai đoạn tiến xa – di căn. Panel gen (không khảo sát toàn bộ chiều dài gen mà chỉ 1 số đột biến hotspot. Vị trí và số lượng đột biến khảo sát phụ thuộc vào từng loại ung thư khác nhau):
- ACVR2A
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- ARID1A
- AXIN1
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- CDH1
- CTNNB1
- EGFR
- ERBB2
- ESR1
- FBXW7
- GATA3
- GNAS
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- KEAP1
- KRAS
- LRP1B
- MET
- NRAS
- PIK3CA
- POLE
- PPP2R1A
- PTEN
- RB1
- SMAD4
- STK11
- TCF7L2
- TERT
- TP53
- ZFHX3
Đột biến đích (actionable mutation) hỗ trợ liệu pháp điều trị nhắm trúng đích
- Ung thư phổi: EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, MET amplification/mutations, HER2 amplification/ mutations, ALK fusion/mutations, ROS1 fusion, NTRK fusion, PIK3CA, RET fusion/mutations, TP53, SKT11, KEAP1
- Ung thư đại – trực tràng: KRAS, NRAS, BRAF, HER2 amplification/mutations,PIK3CA, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư vú: AKT1, PTEN, BRCA1, BRCA2, PALB2, PIK3CA, ESR1, HER2 amplifition/ mutations, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư thực quản – dạ dày: HER2 amplification/mutation, PIK3CA, NTRK fusion,BRAF, RET fusion
- Ung thư buồng trứng: BRCA1, BRCA2, BRAF, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tiền liệt tuyến: BRCA1, BRCA2, PALB2, AR, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tụy: BRCA1, BRCA2, PALB2, KRAS, NRAS, BRAF, RET fusion, NTRK fusion
- Ung thư nội mạc tử cung: POLE, POLD1, AKT1, BRAF, NTRK fusion, RET fusion/mutations
- Ung thư gan: BRAF, NTRK
Đột biến di truyền (germline mutation)
Panel 42 gen:
- ALK
- APC
- ATM
- BRCA1
- BRCA2
- BRIP1
- CDH1
- CDKN2A
- CHEK2
- DICER1m
- EGFR
- EPCAM
- ERCC3
- ERCC4
- FH
- HRAS
- KIT
- MAX
- MEN1
- MET
- MLH1
- MSH2
- MSH6
- MUTYH
- NF1
- NF2
- PALB2
- PDGFRA
- PMS2
- POLD1
- POLE
- PTCH1
- PTEN
- RET
- RNF43
- SMAD4
- SMARCA4
- STK11
- TP53
- TSC1
- TSC2
- VHL
Bất ổn định vi vệ tinh (MSI)
Xét nghiệm khảo sát 100 – 300 loci.
Bất ổn định vi vệ tinh (MSI) là 1 chỉ dấu liên quan đến khả năng đáp ứng liệu pháp điều trị bổ trợ hoặc liệu pháp miễn dịch. Tỷ lệ phần trăm số vùng trình tự vệ tinh không ổn định được tính toán bằng công cụ MSIsensor-pro, so sánh các vùng này giữa mẫu mô u và với mẫu bạch cầu tương ứng.
Ngưỡng giá trị cho phân loại MSI-High là 20%.
Tồn dư tối thiểu khối u (MRD) và theo dõi tái phát sớm bằng cách phát hiện ctDNA (DNA phóng thích từ khối u) trong máu
Panel 155 gen:
- ACVR2A
- AFF3
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- AR
- ARID1A
- ARID1B
- ARID2
- ASXL2
- ATM
- ATR
- AXIN1
- BCOR
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- BRIP1
- CAMTA1
- CASP8
- CDH1
- CDK12
- CDKN2A
- CHD4
- CHEK2
- CIC
- CREBBP
- CSDE1
- CTCF
- CTNNB1
- DICER1
- DNMT3B
- DOT1L
- EGFR
- EIF1AX
- ELF3
- EP300
- EPCAM
- EPHA3
- EPHA5
- EPHA7
- ERBB2
- ERBB3
- ERBB4
- ERCC3
- ERCC4
- ESR1
- FAT1
- FAT4
- FBXW7
- FGFR2
- FGFR3
- FH
- FHIT
- FLT1
- FOXA1
- FOXP1
- GATA3
- GNA11
- GNAS
- GRIN2A
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- IGF2
- IKZF1
- INPP4B
- KDM6A
- KDR
- KEAP1
- KIT
- KMT2A
- KMT2B
- KMT2C
- KMT2D
- KNSTRN
- KRAS
- LRP1B
- MAP2K1
- MAP2K4
- MAP3K1
- MAX
- MDM2
- MED12
- MEN1
- MET
- MGA
- MLH1
- MSH2
- MSH6
- MTOR
- MUTYH
- NCOR1
- NCOR2
- NF1
- NFE2L2
- NOTCH1
- NOTCH2
- NRAS
- NRG1
- NSD1
- NTRK1
- NTRK2
- NTRK3
- PALB2
- PARP1
- PBRM1
- PDE4DIP
- PDGFRA
- PDPK1
- PIK3C2G
- PIK3CA
- PIK3CD
- PIK3R1
- PMS2
- POLD1
- POLE
- PRDM14
- PREX2
- PRKD1
- PTCH1
- PTEN
- PTPN13
- PTPRB
- PTPRD
- PTPRS
- PTPRT
- RAB35
- RARA
- RASA1
- RB1
- RBM10
- RET
- RHOA
- RNF213
- RNF43
- ROS1
- SETD2
- SF3B1
- SMAD4
- SMARCA4
- SOX9
- STAT5A
- STK11
- TBX3
- TCF7L2
- TERT promoter
- TP53
- TRRAP
- TSC1
- TSC2
- VHL
- ZFHX3
- ZNF521
Ngoài các đột biến cá thể hóa cho từng bệnh nhân, xét nghiệm K-TRACK MET khảo sát thêm panel gồm 300-500 đột biến hotspot được thiết kế cho giai đoạn tiến xa – di căn. Panel gen (không khảo sát toàn bộ chiều dài gen mà chỉ 1 số đột biến hotspot. Vị trí và số lượng đột biến khảo sát phụ thuộc vào từng loại ung thư khác nhau):
- ACVR2A
- AKT1
- ALK
- AMER1
- APC
- ARID1A
- AXIN1
- BRAF
- BRCA1
- BRCA2
- CDH1
- CTNNB1
- EGFR
- ERBB2
- ESR1
- FBXW7
- GATA3
- GNAS
- HRAS
- IDH1
- IDH2
- KEAP1
- KRAS
- LRP1B
- MET
- NRAS
- PIK3CA
- POLE
- PPP2R1A
- PTEN
- RB1
- SMAD4
- STK11
- TCF7L2
- TERT
- TP53
- ZFHX3
Đột biến đích (actionable mutation) hỗ trợ liệu pháp điều trị nhắm trúng đích
- Ung thư phổi: EGFR, KRAS, BRAF, NRAS, MET amplification/mutations, HER2 amplification/ mutations, ALK fusion/mutations, ROS1 fusion, NTRK fusion, PIK3CA, RET fusion/mutations, TP53, SKT11, KEAP1
- Ung thư đại – trực tràng: KRAS, NRAS, BRAF, HER2 amplification/mutations,PIK3CA, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư vú: AKT1, PTEN, BRCA1, BRCA2, PALB2, PIK3CA, ESR1, HER2 amplifition/ mutations, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư thực quản – dạ dày: HER2 amplification/mutation, PIK3CA, NTRK fusion,BRAF, RET fusion
- Ung thư buồng trứng: BRCA1, BRCA2, BRAF, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tiền liệt tuyến: BRCA1, BRCA2, PALB2, AR, NTRK fusion, RET fusion
- Ung thư tụy: BRCA1, BRCA2, PALB2, KRAS, NRAS, BRAF, RET fusion, NTRK fusion
- Ung thư nội mạc tử cung: POLE, POLD1, AKT1, BRAF, NTRK fusion, RET fusion/mutations
- Ung thư gan: BRAF, NTRK
PHẠM VI XÉT NGHIỆM LÊN ĐẾN 9 LOẠI UNG THƯ
| Ung thư | Đột biến đích | Tồn dư tối thiểu khối u | Bất ổn định vi vệ tinh | Đột biến di truyền |
| Phổi | ||||
| Gan | ||||
| Dạ dày - Thực quản | ||||
| Tụy | ||||
| Đại - trực tràng | ||||
| Vú | ||||
| Buồng trứng | ||||
| Nội mạc tử cung | ||||
| Tiền liệt tuyến |
LỢI ÍCH TOÀN DIỆN
| GIAI ĐOẠN SỚM | GIAI ĐOẠN TIẾN XA - DI CĂN | |||||||||||
| Các liệu pháp điều trị | Phẫu thuật | Điều trị bổ trợ | Theo dõi và Phát hiện ung thư tái phát | Điều trị 1st line |
Điều trị 2nd line |
Điều trị later line |
||||||
| Khảo sát DNA đặc trưng tế bào ung thư |
Đánh giá hiệu quả phẫu thuật triệt căn | Hỗ trợ đưa ra quyết định điều trị bổ trợ | Theo dõi và phát hiện ung thư tái phát sớm | Đánh giá đáp ứng điều trị | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Khảo sát bất ổn định vi vệ tinh (MSI) |
Sàng lọc hội chứng ung thư di truyền ( Lynch, HBOC) | |||||||||||
| Đánh giá đáp ứng với các liệu pháp miễn dịch | ||||||||||||
| Khảo sát đột biến đích (Actionable mutations) |
Định danh các đột biến đích và đột biến kháng thuốc hỗ trợ liệu pháp điều trị nhắm trúng đích | |||||||||||
| Khảo sát đột biến di truyền (Germline mutations) |
Đánh giá tiên lượng bệnh, hỗ trợ đưa ra liệu pháp điều trị phù hợp cho bệnh nhân | |||||||||||
| Đánh giá nguy cơ ung thư di truyền cho người thân bệnh nhân | ||||||||||||
PHƯƠNG PHÁP XÉT NGHIỆM ỨNG DỤNG CÔNG NGHỆ NGS TIÊN TIẾN
TỐI ƯU THỜI GIAN TRẢ KẾT QUẢ
|
|
|
|
|
|---|---|---|---|
| Khảo sát đột biến đích (Actionable mutations) |
7 - 10 ngày (mẫu mô) |
7 - 10 ngày (mẫu mô) |
14 ngày (sinh thiết lỏng) |
| Bất ổn định vi vệ tinh (MSI) | - | ||
| Đột biến di truyền (Germline mutations) |
30 ngày | 30 ngày | - |
| MRD hoặc động học ctDNA | 14 ngày (Sinh thiết lỏng) |
